Макарьевские премии присуждаются раз в два года российским и зарубежным авторам научных монографий и учебных пособий в четырех номинациях.
В 2006-2007 годах на конкурс поступило более 200 работ: большинство - 86 - в номинации "История Православной церкви", 76 - в номинации "История России", 13 - по "Истории Москвы" и 27 - в номинации "История православных стран и народов". В конкурсе участвовали также авторы 10 учебников.
Работы соискателей пришли из 39 регионов России, а также с Украины, из Белоруссии, Молдавии, Латвии, Великобритании, Венгрии, Черногории и США.
В числе 18 победителей конкурса - замглавы Императорского православного палестинского общества, старший научный сотрудник Института российской истории РАН Николай Лисовой, специалист по древнерусской иконописи, профессор МГУ Энгелина Смирнова, настоятель Князь-Владимирского собора Санкт-Петербурга протоиерей Владимир Сорокин, ученые из Новосибирска и Вологды. В награждении лауреатов примут участие президент РАН Юрий Осипов, мэр Москвы Юрий Лужков, председатель Макарьевского фонда архиепископ Екатеринбургский и Верхотурский Викентий, губернатор Московской области Борис Громов, видные деятели науки и культуры.
Размер первой премии в каждой номинации составляет 150 тысяч рублей, второй - 80 тысяч. Третья премия, специально для молодых исследователей - 50 тысяч рублей.
Митрополит Макарий (Булгаков) - выдающийся иерарх и ученый XIX века, автор фундаментальной "Истории Русской Церкви", первооткрыватель многих документов и рукописей. По словам Алексия II, он вошел в историю как "символ единения церковной и светской науки".
Еще в 60-х годах XIX столетия Макарий (в то время архиепископ Харьковский) обратился к обер-прокурору Священного Синода с просьбой учредить из накопленных им средств специальный фонд для поощрения трудов ученых. Ради этой цели в течение 25 лет он копил гонорары за свои сочинения. В итоге, премиальный фонд составил 120 тысяч рублей.
Первые премии были присуждены в 1882 году, вскоре после смерти митрополита Макария. В том же году Российской Императорской академией наук и Священным Синодом был официально учрежден Макарьевский фонд.
В дореволюционной России премия фонда считалась одной из самых почетных наград и вручалась за труды по истории, военному делу, богословию и филологии.
В 1995 году Русская православная церковь, Российская академия наук и правительство Москвы возродили Макарьевский фонд.