Новый символ вызвал споры в регионе. Депутатскую инициативу одобрили православные и протестанты, однако татары-мусульмане неоднократно публично выражали свое недовольство. В кампании по выборам депутатов Государственной Думы РФ четвертого созыва председатель Единого духовного управления мусульман Пензенской области муфтий Аббас Бибарсов использовал этот аргумент при агитации против одного из кандидатов.
Удовлетворение в связи с водружением нового флага выразило Поволжское представительство Ассоциации христианских церквей "Союз христиан": "Теперь жители Пензенской области могут с достоинством заявить, подобно библейскому народу Божьему: "Господь наше знамя", и это еще один шаг к духовному возрождению России".
На сегодняшний день Пензенская область является единственным субъектом федерации, на флаге которого размещен религиозный образ. Ранее на пензенском флаге изображались три пшеничных снопа в обрамлении дубовых листьев и ленты ордена Ленина.