Противники называют его дискриминационным, так как он отдает предпочтение традиционным религиям России и, прежде всего, православию. Сторонники указывают на особую роль православия в русской истории.
Наиболее серьезные возражения вызывает статья 27, согласно которой право на перерегистрацию в качестве всероссийских имеют лишь те религиозные организации, которые официально появились в России не менее 15 лет назад, то есть до 1982 г. Очевидно, что в советское время сделать этого они не могли.
Вызывал закон и претензии технического характера. Утверждалось, что 16 тысяч религиозных объединений не сумеют перерегистрироваться в отведенное им время, до конца 1999 г. Так оно и случилось. Но этого рода проблемы оказались легко преодолены: президент Путин продлил срок перерегистрации до конца нынешнего года.
Закон продолжает вызывать возрвжения, причем критикуют его и представители традиционных религий. Председатель Совета муфтиев России шейх Равиль Гайнутдин писал в 1999 г., что при всем уважении к православию мусульмане не могут согласовывать строительство каждой мечети с РПЦ.
Представители новых и нетрадиционных религий дважды обжаловали постановления закона в Конституционном суде. В обоих случаях (перерегистрация Ордена иезуитов и организации "Свидетелей Иеговы") удалось найти компромиссные решения, но они не удовлетворили критиков закона, поскольку не изменили его "дискриминационную сущность".
Подводя итоги трех лет претворения закона в жизнь, можно констатировать, что он значительно осложнил жизнь ряду религиозных объединений страны. Но привело ли это к наведению порядка в религиозной жизни √ остается под вопросом.