Как сообщили РИА "Новости" в Отделе внешних церковных связей Московского Патриархата, соответствующее решение приняли сопредседатели Комитета по премиям памяти митрополита Московского и Коломенского Макария Патриарх Московский и всея Руси Алексий II, мэр Москвы Юрий Лужков и президент Российской академии наук Юрий Осипов.
В 1867 году митрополит Макарий, собрав 120 тысяч рублей, обратился к обер-прокурору Святейшего Синода с прошением об учреждении премий для поддержки ученых и исследователей. В том же году император утвердил "Главные положения для присуждения Императорской Академией наук премий митрополита Макария по академическим светским наукам".
С 1882 по 1917 годы премия митрополита Макария была самой значительной церковной наградой в области науки. После октябрьского переворота 1917 года ее упразднили.
Макарьевский фонд был возрожден в 1995 году. Все эти годы его возглавлял митрополит Мефодий (Немцов), управлявший Воронежско-Липецкой епархией. В мае 2003 года Священный Синод РПЦ назначил митрополита Мефодия управляющим Митрополичьим округом в Казахстане, освободив его от прежних обязанностей.