Православная церковь Московского Патриархата существует в Эстонии со времен появления здесь христианства - на рубеже XIII-XIV веков. Однако после выхода Эстонии из состава СССР МВД в 1993 году под именем реально существующей Церкви зарегистрировало организацию, известную как Стокгольмский синод Константинопольского Патриархата. В советское время он располагался за рубежом и никаких связей с эстонскими христианами не поддерживал. Находящаяся в лоне Московского Патриархата Церковь была лишена своего исконного названия и прав на принадлежавшее ей имущество, включая храмы, построенные на средства Московского Патриархата и пожертвования прихожан.
Став владельцем храмов, Церковь Константинопольского Патриархата в 2002 году отказалась в пользу государства от культовых учреждений, которыми пользуются приходы Православной церкви Московского Патриархата.
Сдача в аренду Эстонской православной церкви Московского Патриархата ранее принадлежавших ей храмов является с точки зрения официального Таллина шансом "полюбовно решить тысячелетнюю проблему одной из самых крупных религиозных организаций в Эстонии". Московский Патриархат придерживается иной точки зрения. В канун визита в Эстонию в 2003 году Патриарх Московский и вся Руси Алексий II в интервью эстонскому телевидению подчеркнул: "Необходимо полностью передать приходам этой церкви имущество, которое они сейчас арендуют у государства".