Конфликт, выходящий за рамки тесного сотрудничества между талибами и Исламабадом, возник после бегства в Афганистан активистов экстремистской суннитской группы "Лашкар-и Джхангви", совершивших ряд преступлений на пакистанской территории. Среди них - один из лидеров вышеназванной группы, Рияз Басра, которого власти Пакистана считают убийцей генерального директора иранского культурного центра в Лахоре в 1990 году.
Укрывающиеся в Афганистане суннитские экстремисты, утверждают в Исламабаде, совершают рейды через границу, создают в Пакистане сеть своих подпольных ячеек и готовятся к широким диверсионным операциям.