Воскресная школа Данилова монастыря была закрыта при советской власти и возобновила свою работу в 1989 году. С 1992 года в монастыре, где расположена Синодальная резиденция Патриарха, начала работать также служба катехизации. Вместе с воскресной школой она послужила основой для создания единого центра духовного развития детей и молодежи. В начале 1999 года Патриарх Московский и всея Руси Алексий II подписал указ об открытии такого центра. В марте 2004 года указом Алексия II центру был присвоен статус патриаршего.
В настоящее время Патриарший центр осуществляет систематическую образовательную и воспитательную работу, а также различные просветительские проекты, направленные на духовное развитие детей и молодежи.