По словам Сергея Кривенко, из претендующих на АГС самую большую группу составляют именно представители религиозных организаций, которые по вероисповедным мотивам не считают возможным брать в руки оружие. По сведениям Льва Левинсона, больше всего "отказников" до принятия закона поставляли Свидетели Иеговы, несколько случаев было среди меннонитов. Отдельные представители протестантских церквей, особенно пятидесятники, также отказывались от военной службы, но, подчеркнул Лев Левинсон, это не является официальной позицией этих религиозных организаций, а только личным выбором их членов. Так, Михаил Фадеев из Перми, который еще до принятия закона об АГС отстаивал в суде принцип прямого действия Конституции РФ об АГС, принадлежит к пятидесятнической Церкви.
Критически относясь ко многим положениям нового закона, Левинсон положительно оценил ряд моментов, существенных для "религиозных отказников". Так, в законе отмечен не доказательный, а заявительный принцип в отношении религиозных убеждений: гражданин может просто сказать, что принадлежит к религиозной организации, вероучение которой препятствует прохождению военной службы.
По мнению правозащитника, хорошо, если призывник сможет представить справку о своей принадлежности, но он не обязан этого делать. По новому закону "бремя доказательства" лежит на призывной комиссии, у которой не так много оснований для отказа. Отказано может быть тем молодым людям, которые представили заведомо ложные сведения о принадлежности к религиозной организации, или тем, которые, заявляя о своих пацифистских убеждениях, состоят в агрессивных, военизированных группах типа скинхедов. Лев Левинсон с удовлетворением отмечает, что при разработке закона удалось "пробить" обязательное требование подробного мотивированного отказа призывной комиссии.
Основанием для отказа от военной службы может быть не только принадлежность к религиозной организации, но и личный выбор, личные убеждения призывника. Так, даже представителям вероисповеданий, которые никогда не призывали к отказу от военной службы - православия и ислама - никто не возбраняет подать заявление на прохождение АГС. Священнослужители этих конфессий, включенные в состав призывных комиссий, не имеют права оказывать давление на призывника. По словам Сергея Кривенко, это требование не всегда соблюдается: известен ряд случаев, когда православный священник - член призывной комиссии - настойчиво призывал претендентов на АГС "выполнять свой долг, защищать Родину". Льву Левинсону известна история молодого мусульманина из Тюмени, задолго до принятия закона об АГС отстоявшего в суде свой отказ от службы в армии, которая, как он заявлял, "воюет с его единоверцами".
Таким образом, подытоживает Лев Левинсон, особой остроты в вопросе обоснования отказа от военной службы "теоретически нет, но практически, на местах, проблемы не исключены". По данным правозащитников, весной 2004 г. на АГС могут быть направлены 206 человек, которые до вступления закона в силу отстояли в судах свое право на АГС. К 1 апреля 2004 г. в военкоматах принято еще около 500 заявлений от призывников, которые пойдут на АГС осенью.