Как заявил пресс-секретарь МВД агентству BNS, министерство не может зарегистрировать эту Церковь, поскольку ее название, указанное в уставе, не отвечает требованиям закона. Название "Эстонская Православная Церковь Московского Патриархата" (ЭПЦМ) не является четко отличающимся от названия уже зарегистрированной в Эстонии другой Православной Церкви √ Эстонской Апостольской Православной Церкви (в юрисдикции Константинопольского Патриархата).
По словам пресс-секретаря, препятствиями к регистрации являются также возможность неоднозначного толкования представленных ЭПЦМП доказательств ее автономии и преемственной деятельности и несоответствие приложенных к заявлению о регистрации протоколов Соборов требованиям постановления о регистре. Представленные ЭПЦМП документы не могли быть использованы отделом по делам религии МВД в качестве юридической основы для регистрации уставов ЭПЦМП и ее приходов, передал пресс-секретарь.
Вместе с тем министр внутренних дел Эстонии Тармо Лоодус в письме руководству ЭПЦМП выразил стремление государства оказывать Церкви "всяческую помощь в решении вопросов, связанных с регистрацией".
Министерство предложило ЭПЦМ зарегистрироваться под "четко отличающимся от названия другой Православной Церкви именем, уточнить и изменить некоторые пункты устава, привести приложенные к заявлению о регистрации протоколы Соборов в соответствие с требованиями постановления о регистре".