Главной целью отдела станет организация мероприятий, направленных на оздоровление религиозной жизни Пермского края. Необходимось создания этого отдела обусловлена присутствием в регионе большого количества деструктивных религиозных организаций и увеличением в последние годы числа пострадавших от их деятельности.
Отдел духовной безопасности будет заниматься информационно-просветительской работой. Помогать людям, пострадавшим от сект, начнут консультанты-психологи. Планируется также проведение реабилитационной и социально-адаптационной работы с бывшими членами сект.
Свою работу отдел осуществляет на базе Миссионерского отдела Пермской епархии и епархиального молодежного движения "Православная молодежь Прикамья".