Индонезийское правительство оказалось в весьма сложном положении. С одной стороны, Вашингтон добивается от Индонезии, крупнейшей в мире мусульманской страны, однозначной поддержки в борьбе с международным терроризмом. С другой √ индонезийские лидеры вынуждены оглядываться на собственное мусульманское население, среди которого все больше распространяются радикальные настроения.
Идеи и популярность Усамы бен Ладена набирают силу среди местных исламских экстремистов. В Индонезии появились группы, которые открыто провозглашают джихад против "неверных" (христиан) на индонезийских островах.