Интересы ВАИП в суде представляли адвокаты Галина Крылова и Елена Худякова.
Как сообщил председатель Совета Церкви Объединения Константин Крылов, процесс по делу о ликвидации ассоциации начался в 1995 году, когда в Дзержинский суд Санкт-Петербурга поступили иски антисектантских комитетов с требованием ликвидации ВАИП и возмещении морального ущерба.
Заявив, что ВАИП "ухудшает генофонд нации", "зомбирует" и "кодирует" своих членов, истцы потребовали в общей сложности 80 млрд. рублей для организации реабилитационных центров, где оказывалась бы психиатрическая помощь "жертвам мунистов".
Проведенные по постановлению суда психиатрические экспертизы в отношении членов ВАИП удостоверили, что они психически здоровы. Эксперты-криминалисты исследовали литературу Церкви Объединения, "однако не обнаружили ничего противозаконного" в ней.
Не получило развития и уголовное дело о преступной деятельности ВАИП, которое было возбуждено по инициативе Управления юстиции Санкт-Петербурга и прекращено за отсутствием состава преступления в мае 1999 года.
Одна из антисектантских организаций города на Неве - Комитет защиты семьи и личности - отказалась от своих исковых требований. Однако в ноябре 1999 года, по ее требованию, с иском о ликвидации ВАИП выступила прокуратура города. К иску о ликвидации присоединилось и Управление юстиции, которое необоснованно отказывало ВАИП в перерегистрации на протяжении всего срока судебного процесса.
5 ноября 1999 года Санкт-Петербургский городской суд отказал прокурору и Управлению юстиции города в удовлетворении требования о ликвидации организации. Решение суда было обжаловано прокурором Санкт-Петербурга в Верховном Суде РФ, отменено и направлено 29 мая 2000 года на пересмотр в городской суд Санкт-Петербурга.
Теперь городской суд снова рассмотрел дело и вынес решение вновь отказать прокурору и Управлению юстиции Санкт-Петербурга в ликвидации ВАИП, на этот раз обязав Управление юстиции перерегистрировать организацию последователей Сан-Мен Муна.