Решение о канонизации царской семьи принято на последнем Архиерейском Соборе. Они причислены к лику святых как страстотерпцы.
Чин канонизации совершил патриарх Московский и всея Руси Алексий II. В храме присутствовали: великая княгиня Мария Владимировна, ее мать Леонида Георгиевна и сын Георгий, которые специально приехали из Парижа.
Алексий II вознес молитву о тех, кто пострадал за веру в годы правления большевиков и "скончался в единении со Святой Церковью, об убиенных императоре Николае, императрице Александре, царевиче Алексее, великих княжнах Ольге, Татьяне, Марии, Анастасии и других подвижниках веры и благочестия."
После молитвы глава Cинодальной комиссии по канонизации митрополит Крутицкий и Коломенский Ювеналий официально объявил собравшимся о решении Архиерейского Собора канонизировать последнего российского императора. По словам митрополита, "страдания, перенесенные царской семьей, их мученическая кончина явили свет Христовой веры, подобно тому, как он просиял в жизни и смерти миллионов православных россиян, пострадавших за веру в XX-м веке".
Митрополит Ювеналий выразил надежду, что канонизация Николая II и других новомучеников станет актом всеобщего покаяния и началом возрождения России.