Во второй год правления понтифик активно проводил реформу ватиканской администрации. Он сменил государственного секретаря (главу правительства) Святого Престола, руководителя дипломатического ведомства Ватикана, председателя Итальянской епископской конференции, произвел ряд других назначений.
За два года римский первосвященник опубликовал энциклику "Бог есть любовь" (январь 2006 г.) и книгу "Иисус из Назарета", увидевшую свет в день его 80-летия.
Высказавшись негативно об "агрессивном исламе" в лекции в баварском Регенсбургском университете в сентябре 2006 года, Йозеф Ратцингер вызвал бурю протестов в мусульманском мире. Однако ему удалось исправить ситуацию. Так, свой труднейший визит в Турцию он завершил молитвой в стамбульской Голубой мечети.
С первого дня понтификата Бенедикт ХVI подчеркивает свое стремление развивать диалог с православием, эти сигналы положительно воспринимаются Московским Патриархатом, отмечает ИТАР-ТАСС.