На встрече глава Русской Церкви отметил, что визит главы югославского правительства в Москву и переговоры, которые прошли у него с российским руководством, явятся новым важным этапом в развитии отношений Югославии и России. "Не надо говорить о тех вековых связях, которые существуют и существовали всегда между сербским и русским народами", - сказал Патриарх. По его словам, Россия сопереживают тем трудностям, которые испытывали народы Югославии во время политического кризиса в стране и бомбардировок, которым подверглась Югославия. Алексий II отметил, что сам видел последствия этих бомбардировок, когда в апреле 1999 года посетил Белград. По словам Патриарха, на него произвела неизгладимое впечатление масса людей, собравшихся в соборе Святого Павла, чтобы почтить память погибших в этой войне.
В марте 1999 года Алексий II выступил с осуждением военной акции НАТО против Югославии и выразил поддержку сербскому населению Косово. 20 апреля того же года Патриарх посетил СРЮ и отслужил в Белграде Божественную литургию совместно с Патриархом Сербским Павлом, совершив молитвенное поминовение жертв военных действий на территории Югославии. В Белграде глава РПЦ встречался с бывшим тогда президентом Югославии Слободаном Милошевичем и лидером общины косовских албанцев Ибрахимом Руговой, а в октябре 2000 года принял в Москве нового президента СРЮ Воислава Коштуницу.
Патриарх Алексий II неоднократно подчеркивал необходимость активизации миротворческих усилий в регионе, в том числе при участии Русской Православной Церкви и других ведущих религиозных общин мира.