Строительство храма началось в 1895 году, а в 1903 его освятил сам Иоанн Кронштадтский (почитаемый святой Русской Православной Церкви).
В 1917 году церковь была закрыта. В 1993 году здание храма было передано Грузинскому приходу, а в 1996 начались работы по реставрации. Восстановление здания церкви происходило в основном на пожертвования представителей грузинского землячества. В 2000 году реставрация церкви была завершена.
Инициатором и вдохновителем восстановления храма, сообщает "Благовест-инфо", выступил потомок грузинского царя Ираклия II Аристо Багратиони, проживающий ныне в Петербурге. Весомый вклад в осуществление этого замысла внесли председатель Петербургского землячества "Иверия" Бадри Какабадзе, гендиректор пивзавода "Степан Разин" Гия Гвичия, президент экономической ассоциации "Балтика" Сосо Харебов и другие.
Храм Шестаковской иконы Божией Матери был выбран для реконструкции представителями грузинской диаспоры из нескольких церквей, предложенных городскими властями. По внешнему виду храм представляет собой памятник архитектуры в "русском" стиле. Однако в его внутреннее убранство при реставрации были привнесены национальные грузинские элементы. Ранее грузинская диаспора Петербурга, численность которой составляет, по официальным данным, около 50 тысяч человек, собиралась на богослужения в Александро-Невской лавре.
На торжественном богослужении в новоосвященном храме присутствовали губернатор Санкт-Петербурга В. Яковлев, чрезвычайный и полномочный посол Грузии в России З. Абашидзе, президент Академии художеств РФ З. Церетели, представители грузинской диаспоры в России. Делегацию Грузинской Православной Церкви в составе 20 человек возглавил епископ Ванский и Багдатский Антоний (Булухия).