Буш и его супруга Лора преподавали в воскресной школе и принимали участие в благотворительной деятельности Методистской Церкви. По свидетельству одного из методистских епископов Техаса, Буш уделял много внимания связям между религиозными общинами и государственными программами, но последовательно отстаивал принцип отделения Церкви от государства.
Буш разделяет негативное отношение своей Церкви к клонированию человека и гомосексуальным бракам. Вместе с тем он выступает за сохранение смертной казни и запрещение абортов, за исключением тех случаев, когда деторождение угрожает жизни матери. Методистская Церковь осуждает смертную казнь и не требует запрещения абортов. С другой стороны, Буш занимает менее жесткую, чем методисты, позицию относительно контроля над продажей оружия населению.
Ряд отклонений Буша-младшего от официальной позиции Методистской Церкви не вызывает осуждения последней. По словам ее представителя, рядовые методисты довольно часто не разделяют взглядов руководящего органа Церкви √ Генеральной конференции.