После 1917 года архивы Церкви были конфискованы и распределены по светским хранилищам и крупным библиотекам. В Российском архиве древних актов находятся монастырские записи, в Российской государственной библиотеке - Синодальный архив Троице-Сергиевой Лавры.
По словам директора центра "Православная энциклопедия" Сергея Кравца, "архив будет создаваться за счет дарений, покупок и передачи из государственного хранения". Уже сейчас центр располагает дневниками Патриарха Алексия I (Симанского), уникальными фотоматериалами 1946 года о поездке делегации в Литву за останками виленских мучеников, автографами Константина Победоносцева.
Как заметил Сергей Кравец, "некоторые документы удается "перехватить" в последний момент, например, архив Митрополита Киевского Флавиана". Дело в том, что многие документы хранятся в частных коллекциях и нередко продаются за границу.
Большой интерес, по его мнению, представляет собой архив Отдела внешних церковных сношений Московской Патриархата, который закрыт для общего пользования. Но директор "Православной энциклопедии" считает, что через несколько лет "можно будет затребовать личные дела наиболее значимых церковных деятелей".
По словам директора центра, церковно-исторический архив должен быть доступен всем желающим, "независимо от того, светский это или духовный ученый".