Впервые обитель, расположенная на стрелке между Волгой и рекой Костромой, упоминается в летописи в 1432 году, но основана значительно раньше.
Монастырь известен, в частности, тем, что более шести лет здесь жил Михаил Федорович Романов с матерью - монахиней Марфой. Здесь же в 1613 году был совершен торжественный обряд избрания на царство Михаила Романова. Он прошел в Троицком соборе, который сегодня также посетил Дмитрий Медведев.
Монастырская библиотека сохранила ценный памятник письменности - ипатьевскую летопись.
После посещения Ипатьевского монастыря президент России побывал также в Богоявленском монастыре. Датой его основания считается 1426 год. В монастыре проживают 40 опекаемых сестрами пожилых женщин и инвалидов, а также дети-сироты.
Главной святыней монастыря является Чудотворная Феодоровская икона Божией Матери. Она известна с ХII века, когда находилась в часовне близ старинного поволжского города Городца. В 1239 году город был разорен монголо-татарскими захватчиками, а икона исчезла. Позднее она была вновь обнаружена, принесена крестным ходом в Кострому и поставлена в соборном храме.
В годы гонений на церковь в ХХ столетии икона не покинула храмовых стен и сохранилась как церковная святыня. С 1991 года образ хранится в Богоявленско-Анастасиеном кафедральном соборе Костромы. С этого же времени ведется летопись современных чудес, совершающихся по молитвам у Феодоровской иконы - таких событий зафиксировано более ста.