Помимо архиепископа Йована в домашней часовне Вознесения Господня были арестованы четыре монаха, монахиня и болгарский студент-теолог, обучающийся в Греции, а также несколько верующих (в общей сложности 13 человек). Все они были задержаны на 24 часа, а потом отпущены на свободу, однако архиепископ Йован был повторно арестован и приговорен к 30 дням "предварительного заключения". Болгарский студент подвергся депортации и лишен права въезда в Македонию на два года.
Как заявила пресс-секретарь министерства внутренних дел Македонии Мирьяна Контеска, архиепископ и другие задержанные подозреваются в "распространении религиозной ненависти". По словам Контески, когда полиция вошла в часовню, там находилось около 30 человек, в том числе монахи - представители четырех македонских монастырей, которые ранее заявили о своих намерениях признать над собой юрисдикцию Охридской архиепископии. "Эти заявления послужили основанием для прокуратуры выдать ордер на их арест, - заявила представительница МВД. - В момент задержания их как раз принимали под омофор Охридской архиепископии, которой в Македонии не существует".(К Охридской архиепископии принадлежат македонские клирики, решившие вернуться в лоно Сербской Православной Церкви (СПЦ). Власти Македонии не признают ее существования).
"Когда полиция ворвалась в дом, они сразу же отняли у архиепископа мобильный телефон, конфисковали компьютер и перекрыли все каналы связи, - заявил в интервью норвежской службе новостей Forum 18 близкий друг иерарха православный священник из Косова о. Нектарие. - В последний раз я разговаривал с ним накануне ареста. Он был очень обеспокоен. В прошлом году его схватили за то, что он служил литургию в храме, а теперь за совершение службы в частном доме".
Архиепископ Йован был одним из иерархов самопровозглашенной Македонской Православной Церкви (МПЦ), откликнувшихся на призыв Патриарха Сербского Павла вернуться в лоно Сербской Православной Церкви в 2002 году. После этого иерарх был назначен патриаршим экзархом всех македонских епархий, подчиняющихся Охридской архиепископии СПЦ. В 2003 году иерарх уже подвергался аресту. Иерархия СПЦ жестко осудила арест архиепископа Йована и назвала его вмешательством государства в дела Церкви и нарушением принципа свободы совести. "Настоящая причина этого ареста - желание примерно половины македонских монахов восстановить общение с СПЦ, - заявила в интервью службе Forum 18 македонская журналистка Костич-Дмитриевска. - Уже три, а по некоторым данным, четыре монастыря вернулись в лоно СПЦ, что и вызвало панику у МПЦ и правительства Македонии".
По данным информационного агентства Beta, 13 января Патриарх Павел написал письмо македонскому президенту Борису Трайковскому с предложением о встрече в ближайшее время. В тот же день правительство распространило официальное заявление по поводу ареста архиепископа Йована. "Сохранение и защита автокефалии и целостности МПЦ являются сферой стратегических интересов Церкви, народа, государства и правительства Македонии", - говорится в заявлении властей.
После того как были названы монастыри, восстановившие общение с Белградом, их настоятели были немедленно отстранены от управления братией и выдворены из своих монастырей при поддержке полиции. "Все церкви и монастыри на территории Македонии принадлежат МПЦ, - заявил иерарх этой Церкви епископ Тимофей. - Монахи могут присоединяться к какой угодно юрисдикции, однако это не распространяется на монастыри и их собственность". Македонская Православная Церковь, являвшаяся ранее частью Сербской, провозгласила автокефалию в 1967 году. Однако иерархия Сербской Православной Церкви таковую не признала, объявив МПЦ раскольнической группировкой. Несмотря на неоднократные попытки найти компромисс, общение между Сербской и Македонской Церквами до сих пор не восстановлено. Автокефалию МПЦ также не признает ни одна из поместных православных Церквей.