Алексей Юдин - автор многочисленных публикаций по истории Церкви, проблемам межхристианского диалога и экуменизма. Он был одним из организаторов поездки российской делегации на экуменическую встречу в Граце (Австрия) в 1997 году и участником Конгресса мирян в год Великого Юбилея.
Алексей Юдин будет представлять российских католиков в Папском совете по делам мирян в течение пяти лет.