Заявляя о том, что ислам является религией терпимости, Мохаджерани всегда выступал за лояльное отношение режима к интеллигенции, прежде всего творческой. Он часто призывал правительство создать атмосферу, при которой художники и писатели могли бы свободно заниматься творчеством. В то же время иранских интеллектуалов он призывал считаться с менталитетом религиозного общества.
За свои взгляды Мохаджерани - главный союзник нынешнего президента-реформатора Мохаммада Хатами - подвергался критике со стороны высшего религиозного лидера страны аятоллы Хаменеи и представителей консервативного мусульманского духовенства. Его оппоненты считали, что своим либерализмом министр помог "врагам ислама" в их нападках на исламские ценности.
Хотя президент Ирана принял отставку Мохаджарани с поста министра культуры, он останется в правительстве Хатами, будучи назначен председателем Международного центра по диалогу между цивилизациями.