По мнению Патриарха, Хартия игнорирует религиозное наследие Европы, подчеркивая роль лишь гуманистических ценностей, не являющихся безусловным приоритетом для религиозного миропонимания. В ней недостаточно выражены духовно-нравственные основания человеческого достоинства, а также практически игнорируется вопрос о моральной ответственности личности.
Предстоятель РПЦ подверг критике ряд статей Хартии. Статья 21 запрещает "дискриминацию на любых основах", включая религию, "политическое или иное мнение" и "сексуальную ориентацию". Но разделение по признаку "сексуальной ориентации" не признается Церковью укорененным в природе человека, а потому привнесение его в статью не оправдано, считает Патриарх.
Статья 23 предполагает равноправие полов при трудоустройстве. Но применение данных принципов, полагает Патриарх, следует сбалансировать мерами, укрепляющими невмешательство государства во внутреннюю жизнь религиозных организаций. Они формируются на добровольной основе, а потому не могут быть источником дискриминации в упомянутых случаях.
Статья 13, по мнению Патриарха, практически побуждает к снятию любых ограничений с различных форм художественного самовыражения, что может стать источником оскорбления религиозных и национальных чувств. Ограничения снимаются и с научных исследований, которые способны служить злонамеренным целям и интересам.
Озабоченность Патриарха вызвало и непредставление ряда политических, экономических и социальных прав лицам, не являющимся гражданами стран-членов ЕС, при том, что в некоторых странах-кандидатах такие лица составляют значительную часть населения и не имеют возможности быстро получить гражданство.