На первом заседании участники Собора обсудили доклад "Русская Православная Церковь на рубеже веков", который представил на открытии Собора Патриарх Московский и всея Руси Алексий II.
Основное время было уделено дискуссии о положении Церкви на Украине, вопросам статуса Украинской Православной Церкви, а также различным аспектам межправославных, православно-католических и церковно-государственных отношений.
Говоря об отношениях между Русской Православной и Римско-Католической Церквами, Патриарх Алексий II отметил в них ⌠отсутствие видимого прогресса, что обусловлено продолжающейся дискриминацией православных со стороны греко-католических общин на Западной Украине и католическим прозелитизмом на канонической территории Русской Православной Церкви■.
На Соборе было также заявлено об изменении взаимоотношений Московского Патриархата с международными христианскими организациями. По словам Патриарха, ⌠Углубляющийся кризис ⌠экуменического движения■, дальнейшая либерализация протестантских церквей, негативное отношение верующих к некоторым инициативам межхристианских организаций поставили перед Церковью новые задачи■.
Широко обсуждалось и положение Православной Церкви в Эстонии. На Соборе прозвучал призыв к правительству Эстонской Республики признать Эстонскую Православноую Церковь в юрисдикции Московского Патриархата и считать ее субъектом государственного права, который не прерывал своего существования в 1940 году и непрерывно действовал на территории Эстонии, приспосабливая свою структуру к обстоятельствам времени.
Был обсужден и целый ряд вопросов, касающихся внутрицерковного устройства и управления, совершенствования системы богословского образования, пастырской деятельности и монашеской жизни.
В заключении председатель Синодальной комиссии по канонизации святых митрополит Крутицкий и Коломнский Ювеналий представил доклад и материалы к канонизации Собора новомучеников и исповедников российских ХХ века. К лику святых были причислены 860 мучеников и исповедников.
В острых дебатах принималось решение о канонизации членов царской семьи. Собор постановил причислить к лику святых императора Николая II и членов его семьи, однако отношение Церкви к ⌠екатеринбургским останкам■ осталось прежним. ⌠У нас есть сомнения в подлинности останков, - заявил Патриарх Алексий II, - и мы не можем призывать верующих поклоняться лжемощам, если в будущем они будут признаны таковыми".