Основателем монастыря был фламандский монах Йодоко Рике (1498-1578), родившийся в городе Мехелен (во французской транскрипции - Малин). Этот город, находящийся в 32 км от Антверпена, в то время был центром религиозной жизни Фландрии. Мехелен также славился своей вышивкой, бронзовыми колокольчиками и пивом. Прибыв в Эквадор, Рике решил насадить культуру пивоварения в этой латиноамериканской стране. Монах принадлежал к францисканскому ордену, члены которого первыми отправились миссионерами в Америку по велению испанской короны.
Под руководством Рике и с помощью коренного населения монахи-францисканцы начали возводить ансамбль монастыря св. Франциска на месте бывшего дворца императора инков в 1535 году. Полностью монастырь был отстроен лишь спустя 70 лет, однако уже в 1560 году здесь начала действовать пивоварня.
Первое время число монашествующих было невелико, однако уже через 100 лет после основания монастыря св. Франциска в нем было 200 братьев.
Рецепт пива Рике привез из Фландрии и хранил в тайне, передавая своим преемникам. Сегодня последнего монаха, знавшего тайну монастырского пива, уже нет в живых. Известно, что на монастырской пивоварне изготовлялись два сорта пива - светлое легкое для ежедневного употребления и темное крепкое, которое монахи пили по церковным праздникам. Пивоварня св. Франциска закрылась в 1980 году из-за проблем с работниками.
Первые монахи-миссионеры XVI века были как Авраам. Они покинули и свои семьи, и свою родину. Вот почему они привезли с собой не только священные сосуды и богословские книги, но и свои культурные традиции и обычаи. Если бы они были французами, они, конечно же, попытались бы выращивать здесь виноград и делать вино. Вообще-то здесь был один монах из Ниццы, брат Марк. Он пытался сажать виноград, однако почва Кито не подходит для этой культуры. Именно францисканским монахам приписывается поговорка "Пиво - хлеб души".