Некогда богатейшая историческая и археологическая экспозиция музея была практически полностью разграблена после падения режима Наджибуллы. К этому приложили руку сначала представители различных группировок поборников "джихада", а затем талибы, захватившие Кабул в 1996 году. В музее осталось только то, что просто невозможно было вынести, в основном, статуи Будды времен империи Кушанов, правивших Индией, Афганистаном и Средней Азией в I-III веках нашей эры.
Мусульманские фундаменталисты считают, что любые изображения людей и даже животных, будь то рисунки, статуи или фотографии, запрещены Кораном. Поэтому в стране продолжается уничтожение исторических памятников и раритетов, представляющих общемировую ценность.