В увидевшем свет третьем томе "Православной энциклопедии", издающейся под общей редакцией Патриарха Московского и всея Руси Алексия II, появилась статья А. Казаряна "Армянская Апостольская Церковь". В этой статье, отмечают грузинские ученые, все грузинские памятники X-XI вв. в Тао-Кларджети (ныне территория Турции) и XIII в. в Ахтале (ныне территория Армении) преподносятся как памятники армянского церковного зодчества. К памятникам армянского зодчества авторы причислили также Крестовый монастырь (Джвари) в древней столице Грузии Мцхете, широко известный по поэме Лермонтова "Мцыри".
По словам координатора Грузинского представительства ЦНЦ доктора филологических наук Т. Мгалоблишвили, между ЦНЦ и Грузинским представительством существовал договор, согласно которому статьи о грузинских памятниках должны были писать грузинские ученые. Однако договор этот был нарушен, и вместо статьи Д. Бердзенишвили и З. Схиртладзе об Ахтале в очередном томе энциклопедии предполагается опубликовать статью на ту же тему, написанную А. Казаряном. Подобный выбор руководство энциклопедии объясняет тем, что Ахтала сегодня находится на территории Армении. Согласно этой логике, считает Т. Мгалоблишвили, об армянских памятниках на территории Грузии не должны писать армянские специалисты, а о византийских и грузинских православных памятниках на территории Турции должны писать только турецкие авторы.
В своем послании Патриарху всея Грузии Илии II Патриарх Алексий II выразил сожаление в связи с возникшими недоразумениями, причиной которых, по его словам, стала "несогласованность редакционной работы" и амбиции самих авторов. В ответном послании Патриарх Илия II попросил Патриарха Алексия II "внести ясность" в эти вопросы.
В начале осени делегация грузинских ученых и представителей Грузинского Патриархата отправится в Москву, где на встрече с Патриархом Алексием II будет обсуждаться вопрос "о гарантии грузинским ученым на объективное освещение всех проблем по истории Грузинской Православной Церкви".
"Помимо названных, существует еще немало спорных или вызывающих наше прямое неприятие проблем, √ сказала в интервью "Благовест-инфо" Т. Мгалоблишвили. √ В случае, если не будет найден выход из создавшегося положения, весь нынешний состав Грузинского представительства ЦНЦ будет вынужден прекратить дальнейшее сотрудничество с редакцией "Православной энциклопедии". Если нам не удастся договориться, грузинские ученые оставляют за собой право публиковать рецензии на необъективные статьи о Грузинской Православной Церкви в России и за рубежом".