Представители Бессарабской Митрополии обжаловали действия правительства Молдавии, которое на протяжении семи лет отказывались регистрировать эту Церковь. Правительство Молдавии аргументировало свои действия тем, что Бессарабская Митрополия придерживается того же православного вероисповедания, что и Православная Церковь Молдавии. Единственная разница состоит в том, что Бессарабская Митрополия входит в состав Румынской Православной Церкви, а Православная Церковь в Молдавии - в состав Русской Православной Церкви.
По мнению правительства регистрация Бессарабской Митрополии привела бы к расколу Православной Церкви в Молдавии. Своим решением Европейский Суд по правам человека признал, что правительство Молдавии нарушило 9-ю статью Европейской Конвенции прав человека (о свободе религии) и 13-ю (об эффективных средствах правовой защиты перед государственными органами). Суд отметил, что Бессарабская Митрополия не могла функционировать, были нарушены права верующих, а священники не имели возможности исполнять свои обязанности.
Бессарабская Митрополия была также лишена права судебной защиты своего имущества. Суд постановил, что правительство Молдавии должно выплатить истцам 27,02 тыс. евро в качестве возмещения денежного и иного ущерба при судебных издержках. Согласно статье 43 Европейской Конвенции по правам человека, теперь в течение трех месяцев любая сторона может потребовать рассмотрения дела в Большой Палате Суда, которая либо вынесет окончательное решение, либо отклонит просьбу о рассмотрении.
Лидер парламентской фракции правящей в Молдавии партии коммунистов Виктор Степанюк заявил, что "правительство воспользуется своим правом обжаловать решение Европейского Суда по правам человека". 14 декабря он заявил, что "оппозиция пугала нас многомиллионными штрафами и исключением из Совета Европы, но ничего подобного не случилось. Более того, решение Суда не обязывает правительство регистрировать Бессарабскую Митрополию. И мы не будем этого делать", - подчеркнул В.Степанюк.
Представитель правительства Молдавии в Европейском Суде Виталий Пырлог заявил, что "еще рано говорить о каких-либо обязательствах Молдавии перед Бессарабской Митрополией, поскольку решение суда не окончательное и вступит в силу лишь после того, как будут исчерпаны все возможности его обжалования".