Первым Хамбо-ламой стал в 1764 году Дамба-Даржа Заяев - видный буддийский деятель, получивший образование в Тибете. Именно оттуда, а также из Монголии буддизм пришел на территорию нынешней России на рубеже XVI-XVII веков. В 1741 году указом императрицы Елизаветы Петровны буддизм в Бурятии был официально признан в статусе одной из государственных религий.
К концу XIX века буддизм в Бурятии представлял собой всесторонне развитую систему. Действовало более 40 дацанов, в которых насчитывалось более 10000 монахов-лам. Фактически буддийские дацаны были своеобразными университетами, в которых изучались тибетский, монгольский языки, санскрит, буддийская философия, тибето-монгольская медицина, астрология, развивались книгопечатание, иконопись и культовое зодчество.
Буддизм прочно вошел во все области жизни большей части бурятского народа. С распространением грамотности и письменности, научных знаний, литературы и искусства буддизм стал важным фактором формирования нравственности, народных традиций и обычаев.
В 1908 году буддийский храм начинают строить уже в Петербурге (впервые в Европе), и в 1913 году там состоялась первое богослужение, посвященная 300-летию династии Романовых.
В советский период Буддийская традиционная сангха разделила судьбу всех остальных религиозных организаций страны. В 1938 году закрываются все буддийские школы и монастыри, большинство храмов разрушают, многие ценные статуи, предметы утвари и рукописи также уничтожаются. Часть из них была вывезена в музейные фонды, однако многие духовные и материальные ценности оказались потеряны безвозвратно.
Новый период в истории буддизма в России начался в 1990 году.