В четырех залах экспонируются материалы, связанные с многовековой историей западного христианства. Первый зал рассказывает о зарождении религии, второй и третий посвящены временам инквизиции . Четвертый зал посвящен периоду Великой французской революции.
В новой экспозиции представлены редкие произведения живописи Джованни Беллини и Питера Поурбуса, уникальное издание "Молота ведьм", макет готического храма, рыцарские шлем и меч, а также коллекция папских медалей. Многие из этих предметов выставляются впервые.
Государственный музей истории религии основан 15 ноября 1932 года решением Академии Наук СССР и долгое время находился в Казанском соборе. После передачи храма Русской Православной Церкви музей переехал в новое здание на Почтамтской улице. Сейчас в Казанском соборе остается более 40% всей музейной коллекции: это фонды архаики и истории русского православия, а также большая часть графических материалов. Однако ожидается, что фонды музея будут окончательно перемещены в новое помещение к середине декабря.
Пока в музее демонстрируются экспозиции, посвященные архаическим религиям и верованиям Древнего Египта, Древней Греции и Древнего Израиля, возникновению и сущности христианства, а также русскому православию. В ближайшем будущем планируется открыть еще несколько залов, рассказывающих об истории протестантизма и старообрядчества. В планы музея входит также восстановление экспозиции, посвященной западному средневековью. Она демонстрировалась здесь 20 лет назад и была известна, в частности тем, что в ней была представлена камера пыток времен инквизиции.