Многие члены "Аль-Каиды" прибыли в Афганистан еще во времена войны с советскими войсками, а затем остались в стране и женились на местных женщинах. Отряды боевиков Усамы бен Ладена (по разным данным, их в пещерах находится от 300 до 1 тыс человек, не считая членов семей), отказались выполнить ультиматум пуштунов и сдаться.
Они выдвинули новые условия - обязательное присутствие при сдаче представителей ООН и диплотатов из арабских стран. Подобные требования боевиков не лишены основания. После взятия нескольких городов пуштуны и силы Северного альянса, по некоторым данным, расстреливали захваченных в плен иностранных боевиков. Такие случаи, по свидетельствам очевидцев, имели место в Кундузе, Мазари-шарифе, и под Кандагаром.