9 сентября, в день гибели Александра Меня, убитого неизвестным преступником в 1990 году, участники конференции отправились в поселок Новая Деревня Пушкинского района Московской области. В Сретенском храме, где служил о. Александр, была совершена литургия.
В 15 часов того же дня панихида по убиенному протоиерею Александру была отслужена в церкви св. Усекновения главы св. Иоанна Предтечи, построенной на месте гибели священника в поселке Семхоз, а по ее окончании в расположенном поблизости культурно-просветительском центре "Дубрава" была открыта выставка, посвященная Александру Меню.
Работа самой конференции началась 10 сентября с литии, которую возглавил митрополит Крутицкий и Коломенский Ювеналий (Поярков), который затем первым выступил на пленарном заседании.
Слово митрополита, возглавляющего Синодальную комиссию по канонизации святых, было посвящено новомученикам Российским. Православный иерарх поставил особый акцент на богословских критериях прославления мучеников, а также на различиях между мученичеством и нецерковным героизмом.
Мученическому и апостольскому подвигу о. Александра Меня был посвящен доклад одного из его прихожан √ Владимира Илюшенко. "Последний христианский мученик ХХ века √ отец Александр Мень, √ сказал в своем докладе Илюшенко. √ Отец Александр √ это эпоха в истории Церкви, и она не закончилась в ХХ веке, она уходит в будущее".
"Священник, жизнью и смертью своей прославивший Христа, прославил и Русскую Православную Церковь, которую он любил и которой был глубоко предан, √ говорится далее в выступлении. √ Все попытки противопоставить его Русской Православной Церкви √ а они предпринимаются снова и снова √ злонамеренны и бессмысленны. Он уже принадлежит к лику святых, в земле Российской просиявших".
Два доклада были посвящены мученикам католической Церкви √ прелата Бронислава Чаплицкого ("Книга памяти. Католические мученики в России") и члена Епископского совета епархии Роттенбург-Штутгарт (Германия) Терезы Виланд ("Эдит Штайн").
Тема конференции не исчерпывалась мученичеством внутри христианской Церкви: выступление израильской писательницы Елены Макаровой было посвящено гонениям на евреев в период нацизма. В рамках конференции в ВГБИЛ была открыта выставка, посвященная евреям √ узникам нацистского лагеря Терезин.
В работе конференции также принимают участие настоятель московского храма свв. Космы и Дамиана протоиерей Александр Борисов и клирик этого храма, директор Центра религиозной литературы ВГБИЛ священник Георгий Чистяков, член епархиального совета Сурожской епархии (Великобритания) Ирина Кириллова, один из основателей Кестонского института Ксения Деннен, философ Евгений Рашковский.