Начальник управления мэрии города по реконструкции Дамир Газизов сообщил в интервью газете "Казанские ведомости", что в федеральной программе по подготовке юбилея города на восстановление и дальнейшее обустройство этой мечети заложено 547 млн рублей. Согласно проекту, разработанному институтом "Татинвестгражданпроект", вокруг здания будет создан целый комплекс, включающий медресе, приют для сирот, дом престарелых, мусульманскую больницу, музей ученого и богослова Марджани и другие объекты. К началу сентября завершится реконструкция фасада и кровли основного здания мечети, в целом же работы предполагается закончить в июле 2005 года.
Расходы по обновлению мечети Аль-Марджани почти в два раза превышают общий бюджет по подготовке празднования 250-летия преподобного Серафима Саровского в Курске, Нижнем Новгороде, Арзамасе, Дивеево, который, включая затраты на благоустройство села Дивеево и восстановление объектов Свято-Троицкого Серафимо-Дивеевского монастыря, составил 250 млн рублей. По данным московского информационного центра Оргкомитета по празднованию юбилея преподобного Серафима, бюджет был разделен на две составляющие - церковную (90 млн рублей) и государственную (160 млн рублей). Согласно принципам, провозглашенным полномочным представителем президента России в Приволжском федеральном округе Сергеем Кириенко, государственные средства затрачивались только на государственные объекты, а восстановление православных святынь осуществлялось на благотворительные пожертвования.