Перед началом соборных заседаний архиепископ Токийский, митрополит всея Японии Даниил и епископ Сендайский Серафим в сослужении клириков Японской церкви совершили молебен.
Собор открылся речью митрополита Даниила "Монастырь и церковные каноны", в которой он рассказал участникам собора о канонических основаниях монашества, вступлении в монастырь и степенях монашества, старчестве, а также сделал краткий обзор истории русского монашества.
Митрополит Даниил придает большое значение возрождению и развитию монашеской жизни в Японской церкви, и в своем выступлении разъяснил участникам Собора важность этого начинания. В настоящее время в Японской церкви действует одна монашеская община при Воскресенском Токийском соборе, которой руководит иеромонах Герасим (Шевцов), прибывший в Японию из Троице-Сергиевой лавры.
На Соборе были также оглашены статистические данные. На сегодняшний день Японская автономная православная церковь насчитывает 10006 постоянных прихожан-японцев (9921 в прошлом году), за год было совершено 190 крещений (166 в прошлом году). Кроме того, храмы Японской церкви посещают проживающие в Японии иностранцы православного вероисповедания – русские, сербы, румыны, греки, американцы. В Японской автономной православной церкви проходят служение 2 архиерея, 23 священника и 12 диаконов. Таким образом, Церковь в Японии, несмотря на имеющиеся трудности, растет и развивается.
Участники собора заслушали доклады Издательско-проповеднического отдела, который представил новые книги и брошюры для вступающих в Церковь, а также книгу о таинствах Церкви для детей. Был прочитан доклад о предстоящих юбилейных датах: в 2010 году исполняется 40 лет со дня прославления святого равноапостольного Николая Японского, в 2011 – 150 лет с начала его служения в Японии, а в 2012 – 100 лет со дня кончины святителя Николая. В связи с предстоящими празднованиями обсуждалась концепция реконструкции комплекса построек Воскресенского собора (Николай-до): строительство нового зала церковных собраний, церковно-исторического музея, библиотеки.
Соборные заседания продолжились 8 июля. В этот день за Божественной литургией митрополитом Даниилом был рукоположен в сан священника диакон Димитрий Танака, который будет проходить служение в Токийском кафедральном соборе. Затем участники Собора обсудили проект нового Устава Японской Автономной Православной Церкви и доклад бюджетно-ревизионной комиссии. Кроме того, было представлено девятитомное издание дневников святого равноапостольного Николая на японском языке, осуществленное профессором Накамурой Кэнноске при поддержке Японского фонда (The Nippon Foundation). Участники Собора получили сборник проповедей митрополита Даниила на воскресные и праздничные дни. Завершился Собор молебном святителю Николаю Японскому в монастырской церкви, находящейся рядом с собором Николай-до.