Будущий патриарх родился в городе Мосул на севере Ирака в 1922 году в семье ассирийцев - халдо-католиков. В возрасте 11 лет он поступил в католическую предсеминарию в родном городе. Позже он был послан изучать философию и богословие в Рим, где был рукоположен во священника в 1944 году. В 1947-м Рафаил вернулся в Мосул, где получил назначение на пост ректора семинарии, в которой также преподавал французский язык и нравственное богословие. В 1956 году он был назначен патриаршим викарием города Киркук, а спустя год, в возрасте 35 лет, стал епископом города Амадия и самым молодым католическим епископом в мире.
В 1966 году епископ Рафаил возглавил халдейскую епархию в Бейруте. В качестве представителя восточных Церквей будущий патриарх также принимал активное участие во II Ватиканском соборе. После смерти патриарха Вавилонского Мар Пулуса II Чехо Рафаил был избран главой халдо-католиков. Это произошло 5 мая 1989 года.
Заупокойная месса и похороны патриарха состоятся 12 июля в Бейруте. Папу Иоанна Павла II на траурном богослужении будет представлять префект ватиканской Конгрегации восточных Церквей кардинал Игнатий Муса Дауд.
К Халдо-Католической Церкви, возникшей в результате унии с Римом части несториан, принадлежит около миллиона верующих по всему миру, около половины которых проживает в Ираке. 170 000 членов этой Церкви живут в США, 20 000 - в Канаде, 15 000 человек-в Австралии и Новой Зеландии, 60 000 - в Европе и 4 000 - в Грузии. Небольшие общины халдо-католиков есть в России и других бывших республиках Советского Союза.