Патриарх Варфоломей не известил Патриарха Московского Алексия II о своем намерении нанести визит в Эстонию и отверг миротворческий путь разрешения проблем, предложенный Московским Патриархатом. Поэтому Эстонская Православная Церковь Московского Патриархата отказалась от общения с константинопольской делегацией.
По мнению Священного Синода, Константинопольский Патриархат совершил недопустимую акцию, канонизировав епископа Ревельского Платона, эстонского иерарха Русской Православной Церкви, прославление которого было ранее совершено РПЦ.
В ходе своего визита в Эстонию Патриарх Варфоломей сделал ряд заявлений, противоречащих духу компромиссного решения Священных Синодов двух Церквей от 16 мая 1996 года. В ответ на эти заявления Священный Синод РПЦ подтвердил автономный статус Эстонской Православной Церкви в лоне Московского Патриархата. Алексий II возвел архиепископа Таллинского и всея Эстонии Корнилия в сан митрополита.
Священный Синод заявил, что до урегулирования отношений с Константинополем РПЦ приняла решение воздержаться от участия в церковных мероприятиях, запланированных Константинопольской Патриархией на 2000 - 2001 годы.