Планируется, что Патриарх совершит богослужение в таллинском кафедральном соборе святого князя Александра Невского, посетит могилу своих родителей, а также примет участие в закладке и благословении нового православного храма в городе Ласнамяэ.
Кроме того, Патриарх Алексий II намерен встретится с президентом Эстонии Арнольдом Рюйтелем, премьером Сиимом Калласом и мэром Таллина Эдгаром Сависааром.
Предстоятель Русской Православной Церкви также посетит Пюхтицкий монастырь на северо-востоке Эстонии и побывает в городе Йыхви.
13 февраля через пограничный город Нарва он вернется в Россию. Визит Алексия II в Эстонию стал возможен только после того, как власти страны зарегистрировали в 2002 году Эстонскую Православную Церковь Московского Патриархата.
Алексий II, родившийся в Эстонии и возглавлявший долгое время Эстонскую Православную Церковь в сане митрополита Таллинского и всея Эстонии, неоднократно заявлял, что не может посетить родные места до решения этого вопроса.