На реконструкцию храма требуется, по предварительным подсчетам, около 50 миллионов сумов (примерно 48 тыс. долларов). Однако на сегодняшний день этих средств в казне города нет.
Свято-Никольский храм находится на территории войсковой части. Эта так называемая "гарнизонная церковь" использовалась в советское время в качестве овощехранилища и склада боеприпасов. В начале 1990-х годов храм был передан военными Ташкентско-Среднеазиатской епархии Русской православной церкви.
Церковь Святого Николая - первое православное строение военно-административного центра Ферганской области. На 14 тысяч жителей города Скобелева (старое название Ферганы) в 1914 году в городе были три православных церкви, а также более 10 мечетей и молельных домов для 3 216 жителей-узбеков.
В настоящее время в Фергане имеется один православный приход, располагающийся в здании католической церкви, построенной также в дореволюционное время. Между тем количество активных прихожан в Фергане насчитывает несколько тысяч человек.