Глава Русской Православной Церкви (РПЦ) намерен активизировать переговоры с Румынской Патриархией в целях урегулирования конфликта, возникшего между двумя Церквами из-за деятельности на территории Молдавии Бессарабской Митрополии, подчиняющейся Румынскому Патриарху. Московский Патриархат считает Молдавию своей канонической территорией, где действует Кишиневская Митрополия в юрисдикции РПЦ во главе с митрополитом Владимиром (Кантаряном).
В связи с иском, внесенным сторонниками Бессарабской Митрополии в Европейский суд по правам человека, Алексий II направил главе Румынской Православной Церкви Патриарху Феоктисту письмо. В нем отмечается, что существование Митрополии в юрисдикции Румынской Патриархии на территории Молдавии представляет собой внутрицерковную проблему, которую надлежит решить двум Патриархиям в рамках двусторонних переговоров, в соответствии с церковными канонами.
Конфликт между Бессарабской Митрополией, созданной при поддержке Румынской Церкви, и правительством Молдавии начался в 1992 году. Он возник после того, как официальный Кишинев отказался регистрировать Митрополию, которая подчиняется Бухаресту. В настоящее время дело об отказе в юридическом статусе Бессарабской Митрополии рассматривается в Европейском суде.