В мае 1997 г. Фарина был назначен префектом Ватиканской библиотеки (этот пост является в Ватиканской библиотеке вторым после кардинала-библиотекаря).
Позднее в том же году он встретился с кардиналом Ратцингером. Во время этой встречи, по словам Фарины, Ратцингер сообщил ему о том, что, достигнув 70-летнего возраста 16 апреля, он попросил Папу Римского освободить его от "обременительной должности префекта Конгрегации вероучения и удовлетворить его желание провести свои последние годы в Ватикане в качестве кардинала-библиотекаря".
Кардинал Фарина рассказывает: "Он спрашивал меня, что я думаю об этой идее стать архивариусом и библиотекарем Святой Римской церкви. Когда я понял то, что подразумевал будущий Папа Римский, я сказал ему, что уже слышал об этой новости и был бы счастлив, как и весь штат библиотеки, если он присоединится к нам".
Тем не менее, Иоанн Павел II отставку кардинала Ратцингера не принял и распорядителем Библиотеки Ватикана его не поставил, сохранив за ним пост главы одного из ключевых ведомств Римской курии, сформировавшегося на основе бывшей Инквизиции.