Совет был создан в мае 1998 года и объединяет такие известные российские протестантские структуры как ассоциация "Духовное возрождение", Веслианский Собор России, "Служение Церкви Божией", Церковь Назарянина, миссия "Новая Жизнь" и другие.
Цель Совета - защита интересов протестантов на территории Российской Федерации и создание альянса протестантских Церквей. Тем не менее, руководство СХЕЦ неоднократно заявляло о том, что оно не вмешивается в работу церковных союзов и объединений, а только создает механизм их взаимной координации.
Совет христианских евангельских Церквей в России намерен осуществлять миссионерскую деятельность среди традиционно нехристианских народов, противодействовать пропаганде насилия и распущенности, сотрудничать с общественными организациями в гуманитарной сфере.
С августа 1999 года СХЕЦ является членом Совета предпринимателей при мэре и правительстве Москвы, участвует в работе комиссии по геополитике при президенте России.