Джецун Дампа Халха Ринпоче родился в районе Лхасы в 1932 году в семье фермеров. Когда ему было 4 года, он был признан перерождением Богдо-гэгэна VIII - последнего теократического монарха Монголии. Это долго держали в тайне в связи с политической обстановкой в Монголии и Китае. Так, в Монголии специальным постановлением VII Съезда МНРП и V Великого народного хурала были запрещены поиски перерожденного.
До 1959 года он проживал в Тибете, вместе с Далай-ламой XIV обучался в монастыре Дрепунг, где получил буддийскую учёную степень геше лхарампа (доктора философии). Богдо-гэгэн IX провёл несколько лет в горах, занимаясь в затворничестве медитацией.
В 1959 году после подавления китайскими войсками восстания в Тибете был вынужден бежать в Индию, где и находился до 2010 года, занимаясь религиозной и преподавательской деятельностью.
С конца 1960-х годов до 1970-х работал на радио и в Тибетском доме в Дели. В 1981 году поселился в Манипате, Индия. В 1986 и 1994 годах посещал Тибет. Позже неоднократно выезжал в другие страны, где основал ряд буддийских центров: в Россию, США, Канаду, Сингапур, Швейцарию, Венгрию и другие страны
В 1991 году официальные лица и ламы Монголии выразили желание пригласить Джебцзундамбу. 20 сентября 1991 года Далай-лама письменно подтвердил подлинность его девятого перерождения. Интронизация была проведена в Дхарамсале в 1992 году.
В 1995 году Джебцзундамба-хутухта основал резиденцию Тактен для сохранения буддийской Дхармы. Он учил многим темам, особенно - практике Чод. В 1997 году Далай-лама передал ему, как главе Джонанг, монастырь Джонанг Тактен Пунцог Чойлинг в Симле, Индия.
В 1999 году Богдо-гэгэн неофициально посетил Монголию. В 2009 году он был официально приглашен в главный монастырь Монголии - Гандантэгчэнлин. Снова приехал в Монголию в 2010 году и получил монгольское гражданство. 2 ноября 2011 года был официально провозглашен главой буддистов Монголии и Ассоциации буддистов Монголии.
Перед своей смертью он принял монгольскую правительственную делегацию, испрашивавшую возможность нового перерождения Богдо-гэгэна на территории Монголии.