Сбор средств на строительство церкви велся при помощи специального фонда "Возрождение". Туда поступали пожертвования от частных лиц, работников Федерального космического центра, ракетно-космической корпорации "Энергия", ООО "Инфрастрой", "Водоканал" и других предприятий Байконура.
Около десяти лет православный храм в Байконуре занимал здание бывшего магазина спорттоваров. Там же размещалась воскресная школа и библиотека.
В Байконуре есть также храм Евангелической церкви, а в пригородном поселке Тюратам - мусульманская мечеть. Еще одну мечеть планируется построить в самом Байконуре.