На территории охранной зоны запрещено строительство многоэтажного жилья, чтобы сохранялся единый облик архитектурного ансамбля. Администрация района планировала построить около Ново-Иерусалимского монастыря жилой микрорайон.
В связи с решением Верховного суда РФ строительство около памятника культуры по-прежнему запрещено, если там появятся незаконные постройки, их могут снести.
Ново-Иерусалимский монастырь, на территории которого расположен музей, является уникальным явлением в истории русской архитектуры. Его основатель патриарх Никон (1605 - 1681 годы) хотел создать под Москвой на реке Истра образ Святой Земли - "Русской Палестины", которая представляла бы собой грандиозный архитектурно-ландшафтный комплекс.
В ноябре 2012 года Министерство культуры Подмосковья окончательно утвердило зоны охраны объекта культурного наследия федерального значения ансамбля Ново-Иерусалимского монастыря.
Напомним, что как минимум один многоэтажный жилой дом, построенный на расстоянии примерно 1000 метров от ансамбля монастыря, уже был признан незаконным. Будут ли его сносить - пока не сообщается.