Как пояснили в СКП, в материалах дела содержится несколько преступных эпизодов. В частности, следствием было установлено, что в январе 1999 года генерал-майору Шемякину, который в это время занимал пост заместителя командира по летной подготовке дислоцированной в Подмосковье войсковой части № 15565, было выдано около 370 тысяч рублей, которые предназначались для оплаты жилья для военнослужащих. Но, как считает следствие, на эти средства генерал приобрел в личную собственность 120-метровую трехкомнатную квартиру в подмосковном Щелково, которую впоследствии переоформил на свою дочь.
Кроме того, по версии следствия, в Ногинском районе Московской области Валерий Шемякин приобрел земельный участок площадью 15 соток, на котором осенью 2005 года построил жилой дом общей площадью свыше 300 кв. м. Хотя при этом, отметили в военном управлении, за год до этого ему безвозмездно был предоставлен земельный участок площадью 17,5 сотки в Щелковском районе Московской области.
В октябре 2007 года генерал был переведен в Москву, где был назначен на должность заместителя командира войсковой части №25969, в которой возглавил жилищную комиссию. В июне 2010 года генерал представил членам жилкомиссии извещение о выделении ему в Москве двухкомнатной квартиры "общей площадью более 60 кв. м", а также фиктивную копию ходатайства начальника строительства и расквартирования ВВС о выделении недвижимости семье.
По словам представителей следствия, на липовой копии уже имелась "подложная положительная резолюция" начальника расквартирования и обустройства Минобороны. При этом, считает следствие, Валерий Шемякин намеренно скрыл от членов комиссии наличие у него подмосковной недвижимости, заодно "убедив" подчиненного ему офицера, который должен был получить пресловутую "двушку", написать письменный отказ от жилья. Вслед за этим, по версии следствия, Шемякин представил в жилкомиссию Минобороны справку, в которой указал "заведомо ложные сведения об отсутствии у него жилых помещений на праве собственности".
На основании этих подложных документов в июле 2010 года жилкомиссия Минобороны выделила квартиру Шемякину. В материалах дела говорится, что уже спустя месяц генерал ее приватизировал, после чего его супруга ее продала.
Действия генерал-майора следствием квалифицированы как мошенничество в особо крупном размере (ч. 4 ст. 159 УК РФ), а также превышение должностных полномочий (ст. 286 УК РФ). Сам военный, по данным СКР, вину за собой не признал, а ущерб своему ведомству возместить отказался. В октябре прошлого года указом президента РФ Валерий Шемякин был освобожден от должности заместителя командующего военно-транспортной авиацией.