В суде налоговики заявили, что коль скоро расходы на покупку нефти у трейдеров необоснованны, то "Русснефть" не имела права уменьшать платежи в бюджет на сумму НДС, перечисленного по этим поставкам трейдерам. Компания же утверждала, что к вычету были приняты лишь те суммы НДС, которые перечислены трейдерам, заплатившим все налоги, напоминают "Ведомости".
У судов нет на этот счет единой позиции, и разногласия стоят дорого, утверждают эксперты. Одни считают, что вычет по НДС должен следовать судьбе расходов, другие могут признать расходы необоснованными, но отказать в доначислении НДС. В деле "Русснефти" суд не согласился с инспекторами, однако НДС компании все равно был доначислен с небольшой "скидкой" в 890 млн рублей налогов и 178 млн рублей штрафа. Суд согласился с другим аргументом налоговиков — что счета-фактуры от поставщиков были неправильно заполнены.
Суды часто отказывают в вычетах по НДС из-за ошибок в счетах, даже если налог в бюджет поступил, говорят специалисты. Из позиции Конституционного суда следует, что отказывать в вычете по НДС из-за отсутствия информации в счете-фактуре нельзя. Но это в том случае, если инспекция может проверить, за что и кому были перечислены деньги. Однако разные решения суды мотивируют ссылками на разные решения КС. Так, в 2005 году КС решил, что нельзя предъявлять к вычету НДС, начисленный по дефектному счету, а в 2003 году — что счет-фактура, напротив, не может быть решающим документом для получения вычета.