Биометрические паспорта были введены в оборот в 2006 году указом президента РФ, и с тех пор ФГУП "НИИ "Восход" является головным исполнителем программы по выдаче документов нового образца.
Предприятие управляет компьютерной системой, обеспечивающей связь между МВД, ФСБ, Минобороны и другими ведомствами. Дмитрий Медведев дал распоряжение Минкомсвязи РФ, что отныне обслуживать эту систему должен исключительно НИИ "Восход". Решение поясняется необходимостью "своевременной выдачи" гражданам документов нового поколения.
В июле вокруг НИИ "Восход" разгорелся скандал. Компания попросту выключила свою компьютерную систему, ссылаясь на задолженность государства в 250 млн рублей за 16 месяцев работы.
В НИИ "Восход" также не скрывали, что остановили работу в знак протеста против результатов конкурса на обслуживание системы в 2009 году, который компания проиграла. С 2006 года НИИ "Восход" не проигрывал ни одного аналогичного тендера, однако в этот раз победителем стала компания "Открытые технологии-98".
16 июля из-за бойкота НИИ "Восход" система выдачи биопаспортов гражданам РФ встала. В Минкомсвязи заявили, что действия института ставят под угрозу срыва реализацию "одной из приоритетных задач, поставленной перед множеством ведомств президентом". 22 июля НИИ "Восход" все же включил систему по просьбе ФМС. Вслед за этим Федеральная антимонопольная служба аннулировала результаты первого конкурса, а затем и нового тендера, который следом провело Минкомсвязи.
Разбирательство вокруг того, кто должен обслуживать систему выдачи биопаспортов, параллельно шло на самом высоком уровне. В июле главный конструктор государственной системы изготовления, оформления и контроля биопаспортов Александр Панкратов обратился с письмом к главе администрации президента Сергею Нарышкину, в котором просил назначать операторов на постоянной, а не конкурсной основе. Затем с письмом утвердить НИИ "Восход" в качестве такого оператора к Дмитрию Медведеву обратились его советник Леонид Рейман, а также главы ФСБ, МВД и ФМС. Авторы обращения поясняли, что за время простоя системы образовалась очередь из 50 тысяч заявок на паспорта.
По данным ФМС, с начала 2009 года выдано 1,3 млн паспортов нового и 0,7 млн старого образцов. Всего в обороте находится более 20 млн загранпаспортов; ежегодно оформляется около 5 млн. В НИИ "Восход" ежедневно обрабатывают до 15 тыс. заявок граждан.