В отчете отмечается, что исполнение федерального бюджета осуществляется в условиях негативного влияния на экономику страны мирового финансового кризиса, в результате которого упали цены на российские экспортные товары, снизился курс рубля и выросла безработица.
Доходы бюджета в январе-июне 2009 года сократились по сравнению с соответствующим периодом прошлого года на 1,2 трлн рублей, или на 27,5%. Если же не учитывать доходы от управления средствами Резервного фонда и Фонда национального благосостояния, то и на все 33,3%. Резкое сокращение доходов привело к образованию дефицита федерального бюджета, который в первом полугодии составил 4,2% ВВП.
Несмотря на большой дефицит, с расходами дело обстоит еще хуже: правительство потратило только 40% утвержденных назначений. Особое внимание в отчете обращается на неудовлетворительное исполнение расходов отдельными главными распорядителями средств федерального бюджета.
Расходы на реализацию федеральных целевых программ (ФЦП) составили лишь 18,7% годовых бюджетных назначений. Реализация пяти ФЦП (9,8% общего количества) вообще не осуществлялась.
В отчете также отмечается неудовлетворительное исполнение расходов федерального бюджета социальной направленности.
Расходы на реализацию приоритетных нацпроектов (ПНП) составили 62 млрд рублей, или 21,6% годовых бюджетных назначений. При этом в рамках ПНП "Здоровье" не осуществлялись расходы, направленные на формирование здорового образа жизни граждан, включая сокращение потребления алкоголя и табака, а также на совершенствование организации онкологической помощи населению.
Как и в предыдущие годы, исполнение расходов на ПНП оказалось существенно ниже среднего уровня исполнения расходов федерального бюджета. Неравномерность кассового исполнения расходов в течение года снижает эффективность использования бюджетных средств и приводит к неисполнению бюджетных назначений в полном объеме.
По мнению Счетной палаты, анализ поступления доходов за январь-июнь 2009 года свидетельствует о высокой вероятности неисполнения утвержденного прогнозируемого объема доходов федерального бюджета за счет ненефтегазовых доходов.