Имущество фонда и его обязательственные права, оставшиеся после удовлетворения требований кредиторов, должно принять Росимущество. Росимуществу и Федеральной службе судебных приставов России предписано в месячный срок организовать продажу имущества, арестованного во исполнение судебных решений.
Самом фонд должен подвести итоги торгов, в том числе по продаже федерального имущества, реализации имущества, арестованного во исполнение судебных решений, конфискованного, движимого безхозяйного, изъятого и иного имущества, обращенного в собственность государства в соответствии с законодательством РФ.
Соответствующий указ президента РФ Дмитрия Медведева, предписывающий правительству принять решение о ликвидации РФФИ, был опубликован 12 мая 2008 годв. Его функции по организации продажи приватизируемого федерального имущества передаются ФАУГИ - Федеральному агентству по управлению государственным имуществом.