Прохоров был убит 7 августа 2002 года. Преступление было совершено утром рядом с домом, где проживал чиновник. Когда Прохоров выходил из подъезда вместе со своей женой, двое неизвестных преступников выстрелили в него из пистолета несколько раз. От полученных ранений заместитель губернатора Смоленской области скончался, его жена не пострадала.
На месте происшествия были обнаружены несколько гильз от пистолета иностранного производства. По данным областной администрации, неизвестный преступник выпустил в грудь Прохорова шесть пуль и уехал на мотоцикле.
За три дня до убийства Прохоров отметил свое 55-летие, напоминает РИА 'Новости'. На должность первого вице-губернатора области его пригласил глава администрации Смоленской области Виктов Маслов.
До назначения на пост первого заместителя губернатора последние три года Прохоров работал начальником областной транспортной инспекции, а ранее был заместителем главы администрации области у бывшего губернатора Анатолия Грушенкова. Прохоров также возглавлял футбольный клуб "Кристалл".